Sana ”eksomi” viittaa siihen osaan perimästä, joka sisältää varsinaisen geneettisen informaation. Sekvensointi puolestaan tarkoittaa tutkimusmenetelmää, jolla geenien sisältämä informaatio voidaan selvittää.
Vain noin 1,5 % perimästä sisältää varsinaista geneettistä informaatiota muodostaen eksomin. Muu osa perimästä koostuu muun muassa geenien toimintaa säätelevistä alueista, erilaisista toistuvista jaksoista sekä alueista, joiden merkitystä ei tunneta.
Kuinka monta geeniä tutkitaan kerralla? | Sairaaladiagnostiikassa tutkitaan tavallisesti noin 5000–6000 tautigeeniä. Ihmisen perimässä arvioidaan olevan noin 20 000 geeniä. Suurin osa geeneistä jää siis eksomisekvensointimenetelmällä tutkimatta, koska lääketiede ei vielä tunne näiden geenien toimintaa ja merkitystä. |
| Mihin eksomisekvensointia voi käyttää? | Eksomisekvensointia hyödynnetään harvinaisten periytyvien tautien ja synnynnäisten kehityshäiriöiden diagnostiikassa. Menetelmä sopii erityisesti tilanteisiin, joissa epäillään sellaista perinnöllistä sairautta, jonka arvioidaan aiheutuvan lukuisten eri geenien virheistä, tai joissa ei ole lainkaan mahdollista arvioida etukäteen sairauden aiheuttajaa. |
| Miten tutkimus tehdään? | Eksomisekvensoinnissa hyödynnetään niin sanottua NGS-menetelmää (next-generation sequencing), joka tuottaa tiedon tutkittavan henkilön geenien sisällöstä. Saatua tulosta verrataan terveeseen verrokkiperimään. Verrokkiperimästä eroavia kohtia tarkastellaan lähemmin. Jokaisella tutkitulla henkilöllä todetaan miljoonia verrokista eroavia kohtia eli geenimuutoksia. Valtaosa on täysin harmitonta vaihtelua ihmisen perimässä, mutta joukossa saattaa olla myös sairautta aiheuttavia muutoksia eli geenivirheitä. Näitä muutoksia pyritään tunnistamaan tietokoneohjelmistojen ja algoritmien avulla. Hyvänlaatuiset, merkityksettömät muutokset suodatetaan pois ja jäljelle jääville geenimuutoksille annetaan luokitus. Luokituksen tekee genetiikan asiantuntija tietokantoja ja lääketieteellistä kirjallisuutta hyödyntäen. |
| Geenimuutosten luokittelu | Geenimuutokset luokitellaan kolmeen luokkaan: - Luokitus P tarkoittaa, että muutos on patogeeninen eli varmuudella tautia aiheuttava.
- Luokitus LP (likely pathogenic) tarkoittaa, että muutos on todennäköisesti tautia aiheuttava.
- Joskus muutos on niin harvinainen, että sen merkitystä ei pystytä varmuudella arvioimaan. Tällainen muutos saa luokituksen VUS (variant of unknown significance) eli merkitykseltään epäselvä muutos. Tällaisen muutoksen merkitystä voidaan arvioida joidenkin vuosien päästä uudelleen.
|
| Mitä voidaan saada selville? | Tutkimuksella voidaan luotettavasti havaita yleisimmät geenivirheet eli pistemutaatiot ja pienikokoiset häviämät ja kahdentumat. |
| Mitä ei saada selville? | Eksomisekvensointi ei tunnista kaikkia mahdollisia geenivirhetyyppejä, kuten ei mikään muukaan tutkimusmenetelmä. Toistojaksogeenivirheet, suurikokoiset kopiolukumuutokset, uniparentaalinendisomia ja metylaatiomuutokset ovat esimerkkejä perimän muutoksista, joiden tunnistamiseen tarvitaan muita menetelmiä. Vaikka eksomisekvensoinnissa ei todeta geneettistä muutosta, voi sairauden taustalla silti olla geneettinen syy. |