Perimän tutkimusmenetelmät: geenipaneelit

Geenipaneelitutkimuksiin on koottu tutkittavan sairauden tai oireyhtymän kannalta tällä hetkellä merkittäviksi tiedetyt geenit. Tutkimuksella selvitetään näiden geenien koodittavien osien emäsjärjestys ja tunnistetaan potilaalla siinä esiintyvät muutokset. Näiden muutosten merkitystä arvioidaan potilaan oirekuvan selittäjänä.

Geenipaneelitutkimuksessa käytetään sekvensointimenetelmää, ​jolla pystytään tunnistamaan hyvin useimmat geenivirheet. Menetelmällä ei kuitenkaan pystytä tunnistamaan esimerkiksi toistojaksomuutoksia eikä sellaisia geenivirheitä, jotka sijaitsevat geenien koodaavien alueiden ulkopuolella.

Perimän muutosten tulkinnassa ja luokittelussa käytetään apuna kirjallisuutta ja erilaisia tietokantoja. Geenidiagnostiikkalaboratorio antaa geenipaneelitutkimuksesta kirjallisen lausunnon lähettävälle lääkärille. Lausunnossa raportoidaan vain potilaan oirekuvaan liittyvät haitalliset tai todennäköisesti haitalliset geenivirheet sekä merkitykseltään epävarmat muutokset. Perimässä on myös harmitonta vaihtelua, ja tiedetään, että osa vaihtelusta ei vaikuta henkilön terveyteen. Tällaisia löydöksiä ei sen vuoksi raportoida tutkimusvastuksessa.

Geenipaneelitutkimuksella havaittujen muutosten raportoinnissa käytetään kolmea luokkaa:

• Luokitus P tarkoittaa, että muutos on patogeeninen eli varmuudella tautia aiheuttava.

• Luokitus LP (likely pathogenic) tarkoittaa, että muutos on todennäköisesti tautia aiheuttava.

• Joskus muutos on niin harvinainen, että sen merkitystä ei pystytä varmuudella arvioimaan. Tällainen muutos saa luokituksen VUS (variant of unknown significance) eli merkitykseltään epäselvä muutos. Tällaisen muutoksen merkitystä voidaan arvioida joidenkin vuosien päästä uudelleen.

Hoitavan lääkärin tehtävänä on arvioida geenipaneelitutkimuksella havaittujen löydösten osuvuutta potilaan oirekokonaisuuteen. Joskus tuloksen arvioinnin tueksi on tarpeen uusia potilaan kliininen tutkimus tai tehdä muita täydentäviä tutkimuksia. Myös potilaan vanhempien tai muiden sukulaisten geneettiset tai kliiniset tutkimukset voivat auttaa perimän muutosten merkityksen arvioinnissa.

Tieto perimän muutosten ja geenien merkityksestä karttuu jatkuvasti. Joskus merkitykseltään epävarman muutoksen osalta saadaan myöhemmin lisätietoa. Joskus saattaa olla hyödyllistä tehdä potilaan vanhempien tai laajempi suvun selvittely kohdennetusti kyseisen tunnistetun muutoksen suhteen. Raportoitujen muutosten tulkinta voi näin tarkentua myöhemmin.

Perinnöllisyyslääkäri arvioi kulloistenkin laajempien tai uusintatutkimusten tarpeen ja hyödyllisyyden sekä tekee lähetteet niihin.

Useimmiten geenipaneelitutkimus tehdään potilaan verinäytteen valkosoluista eristetystä DNA:sta. Raskauden aikana tehtävissä geenipaneelitutkimuksissa lähtömateriaalina voi olla joko istukkanäytteestä tai lapsivesinäytteestä eristetty DNA.

Geenipaneelitutkimusten vastausaika vaihtelee. Tyypillisesti vastausaika on 1-6 kuukautta laboratoriosta ja tutkimuksesta riippuen.