Kilpirauhasen vajaatoimintaa hoidetaan Thyroxin-hormonikorvaushoidolla. Lääke aloitetaan usein puolikkaalla tabletilla tai pienemmällä annoksella ja annosta nostetaan vähitellen. Tavallinen aikuisen Thyroxin-hoitoannos on 0.1 – 0.2 mg aamulla n. 20 min ennen aamiaista ja muita lääkkeitä, jotka voisivat heikentää tyroksiinin imeytymistä. Erityisesti rauta- ja kalsiumvalmisteet, mahahappoja neutraloivat lääkkeet ja sukralfaatti pitää ottaa vähintään neljä tuntia tyroksiinin ottamisen jälkeen.
Raskauden aikana äidin normaali kilpirauhashormonipitoisuus on tarpeellinen sikiön aivojen kehitykselle. Raskauden alettua kilpirauhashormonin tarve suurenee 0.025 – 0.050 mg/ vrk, jonka vuoksi suositellaan aiempaan päivittäiseen Thyroxin-annokseen lisäämään n. 0.025 mg/ vrk tyroksiinia heti, kun raskaustesti on muuttunut positiiviseksi. Tavoitteena on, että TSH-pitoisuus on ensimmäisessä raskauskolmanneksessa 2.5 mU/ l tai alle, ja sen jälkeen 3.0 mU/ l tai alle.