Varaktigheten av hyposensibiliseringens effekt varierar individuellt, men vanligen finns den kvar i flera år. Behandlingen har endast liten nytta i fråga om symtomen på korsallergi. Det är inte möjligt att med säkerhet förutsäga vilka biverkningar hyposensibiliseringen ger hos enskilda personer.
I huvudsak är reaktionerna vid hyposensibilisering rodnads- och svullnadsreaktioner. Allmänna reaktioner är också möjliga även om de är sällsynta. De flesta allmänna reaktioner förekommer oftast i behandlingens inledningsskede, men de kan förekomma ända till slutet av hyposensibiliseringsperioden. I värsta fall kan den allergiska reaktionen vara livshotande, dvs. en anafylaktisk reaktion.
Efter injektionerna observeras patienten på vårdplatsen minst i en halv timme, och patientens tillstånd bedöms ytterligare en gång innan han eller hon åker hem. Uppföljningen förlängs om patientens reaktioner ger anledning till det. På grund av risken för svåra reaktioner är det inte rekommenderat att ta med små barn på injektionsbesöken.
De extrakt som används för hyposensibilisering innehåller aluminium och patienten kan bli överkänslig mot aluminium under behandlingen. Symtomen kan vara klåda och bulor under huden som inte försvinner mellan injektionerna. Hyposensibiliseringen avslutas om patienten utvecklar överkänslighet för aluminium. Ibland rapporterar patienter att de allergiska symtomen ökat under hyposensibiliseringen, och då ska fortsättningen av behandlingen övervägas på nytt.
Tabletter som läggs under tungan kan orsaka lokal klåda och svullnad i munnen främst i hyposensibiliseringens början.