Hur länge hyposensibiliseringsbehandlingens effekt varar varierar individuellt, men vanligen finns den kvar i flera år. Behandlingen har endast liten nytta i fråga om symtomen på korsallergi. Det är inte möjligt att med säkerhet förutsäga vilka biverkningar hyposensibiliseringsbehandlingen ger hos enskilda personer.

Efter vaccinationerna observeras patienten på vårdplatsen minst i en halv timme, och patientens tillstånd bedöms ytterligare en gång innan han eller hon åker hem. Observationstiden förlängs om patientens reaktioner ger anledning till det. Reaktionerna vid hyposensibilisering utgörs i huvudsak av lokal rodnad och svullnad. Även allmänna reaktioner är möjliga, men de är sällsynta. Största delen av de allmänna reaktionerna uppkommer i behandlingens inledande skede, men sådana reaktioner kan förekomma ända fram till hyposensibiliseringsperiodens slut. I värsta fall kan den allergiska reaktionen vara livshotande, dvs. en anafylaktisk reaktion. Det är viktigt att patienten iakttar de vård- och läkemedelsbehandlingsanvisningar som han eller hon fått. På grund av risken för svåra reaktioner är det inte rekommenderat att ta med små barn på vaccinationsbesöken.

Ibland rapporterar patienter att allergisymtomen ökat under hyposensibiliseringen, och då ska fortsättningen av behandlingen övervägas på nytt.

De extrakt som används för hyposensibilisering innehåller aluminium och patienten kan bli allergisk för aluminium under behandlingen. Symtomen kan vara klåda och bulor under huden som inte försvinner mellan injektionerna. Hyposensibiliseringen avslutas om patienten utvecklar överkänslighet för aluminium.

Tabletter och droppar som läggs under tungan kan orsaka lokal klåda och svullnad främst i munnen i behandlingens inledande skede.