En del människor kan dock reagera på föreningar som normalt är ofarliga. När reaktionen har en immunologisk bakgrund, kallas detta för allergi.

Allergisk snuva, allergisk bindhinneinflammation i ögat, allergisk astma och födoämnesallergi är bland de vanligaste sjukdomarna som har IgE-förmedlad allergi, dvs. omedelbar allergi i bakgrunden.

Allergisymtomen uppstår genom ett komplext system av reaktioner i olika celler i slemhinnorna, blodet och immunsystemet. Cellerna producerar många olika signalsubstanser ("förmedlarämnen") och antikroppar (IgE-antikroppar) som orsakar symtom på slemhinnorna. Sjukdomen fastställs som omedelbar allergi när de tester som påvisar IgE-förmedlad allergi passar in på patientens symtom.

Det finns två viktiga former av allergi: omedelbar allergi och fördröjd allergi. Det vanligaste exemplet på fördröjd allergi är kontaktallergi, som vanligen framträder i form av hudsymtom (t.ex. nickelallergi). Även läkemedelsallergi är ofta fördröjd allergi.