Rokotuskohdan kipu, turvotus ja kuumotus eivät viittaa allergiseen reaktioon. Allergiaoireita sen sijaan ovat yleistyneet, laajalle ihoalueelle ilmaantuvat punoitus, turvotus ja urtikaria. Rokoteallergian selvittely on allergologiaan perehtyneen lääkärin tehtävä. Allergia voi johtua joko rokotteesta tai liittyä sen valmistuksessa käytettäviin menetelmiin.
Influenssarokote voidaan antaa yleensä kananmuna-allergisille normaalisti, koska kananmunan määrä rokotteessa on hyvin pieni. Poikkeuksena on henkilö, jolle on tullut todennettu anafylaktinen reaktio kananmunan nauttimisen jälkeen. Näissäkin tapauksissa rokote voidaan yleensä antaa valvotusti. Rokotusohjeen mukaan rokotettavan vointia seurataan kaksi tuntia influenssarokotuksen jälkeen.
Rokotteen valmistusvaiheessa saatetaan käyttää myös antibiootteja, jotka eivät yleensä aiheuta allergisia reaktiota rokotteen saajalle. Rokotteissa saattaa olla säilyteaineena myös formaldehydiä. Rokotteesta saadulla määrällä formaldehydille herkistyneet voivat saada lieviä pistoskohdan allergisia reaktioita.
Välittömiä rokotusreaktioita voidaan tutkia ihopistokokeilla eli prick-testillä. Viivästynyt yliherkkyys esimerkiksi säilöntäaineelle selviää epikutaanitesteissä.