Läkemedelsbehandlingen av MS väljs enligt sjukdomens inflammatoriska aktivitet: är sjukdomen aktiv eller mycket aktiv? Samma fråga ställs både i diagnosskedet och även regelbundet under läkemedelsbehandlingen. Sjukdomens inflammatoriska aktivitet fastställs med hjälp av både skoven och uppföljningen genom magnetavbildningar. Utgående från det väljs en lämplig läkemedelsbehandling.Vid valet av läkemedel överväger man med läkaren för- och nackdelar för varje preparat, sjukdomens typ och dess förlopp samt den egna livssituationen. Fördelarna och biverkningarna av läkemedlen är individuella och för att hitta en lämplig medicinering kan man också vara tvungen att prova många olika typer av läkemedelspreparat. En del av biverkningarna från läkemedlen mot MS kan lindras med tiden i regelbunden användning.