Det finns åtminstone cirka 30 kända sällsynta epilepsisyndrom. Därtill finns det 160 kända sällsynta sjukdomar där epilepsi är ett betydande symtom. Kända orsaker till sällsynta epilepsier inkluderar utvecklingsstörningar i hjärnan, hjärnskador av olika orsaker eller kromosomavvikelser och genetiska avvikelser, inklusive flera sjukdomar av finskt ursprung. Diagnostiseringen av sällsynta epilepsier blir allt mer specifik i takt med att den genetiska forskningen och de bilddiagnostiska undersökningarna av hjärnan utvecklas. Detta har lett till att allt fler sällsynta epilepsier identifieras som orsaken till epilepsi.