Strukturella orsaker har ofta uppkommit under livet, såsom följdtillstånd efter cirkulationsstörningar i hjärnan, en skada, en hjärninflammation samt hjärntumörer. Det finns många olika typer av medfödda utvecklingsstörningar i hjärnan. Utvecklingsstörningen kan omfatta en stor del av hjärnan, eller så kan den uppstå i en mycket liten del av hjärnan. Vissa av de strukturella förändringarna kan också vara genetiska, som vid tuberös skleros, och vissa kan bero på utvecklingsstörningar i hjärnans barklager.