Sjukdomar där kroppens egen försvarsmekanism angriper sig själv brukar också kallas autoimmuna sjukdomar. Det är viktigt att identifiera dessa sjukdomar, eftersom orsaken till epilepsi då kan behandlas med specifika immunologiska läkemedel utöver epilepsiläkemedel. De olika autoimmuna encefaliter som identifierats under de senaste åren är exempel på immunologiska epilepsier.