Den kirurgiska behandlingen riktas mot källan till de epileptiska anfallen i hjärnan, det vill säga epilepsifokuset. Kirurgisk behandling av epilepsi innebär att epileptifokuset avlägsnas eller isoleras kirurgiskt. Det är bra att börja undersöka möjligheten till kirurgisk behandling av epilepsi så snart anfallen kvarstår trots försök med lämpliga läkemedelsbehandlingar och avsevärt stör patientens liv. Kirurgisk behandling kan vara ett alternativ, särskilt för personer med fokal epilepsi.
Ett fynd från en magnetundersökning som tolkas som normalt utesluter inte nödvändigtvis möjligheten till operation. Patienten måste ha en naturlig vilja att genomgå kirurgisk behandling och förstå riskerna och möjligheterna med operationen. Dessa risker och möjligheter undersöks på individuell basis, i vad som kallas en epilepsikirurgisk utredning. I många fall kan epileptiska anfall upphöra helt efter operationen, ibland är effekten anfallsreducerande eller lindrande.
Alla universitetssjukhus kan utföra preliminära utredningar, såsom video-EEG-undersökningar. De faktiska epilepsikirurgiska utredningarna och ingreppen är centraliserade till två centra i Finland: Kuopio (KYS) och Helsingfors (HUS).
Kirurgisk behandling av epilepsi kan förhindras om källan till anfallen inte kan lokaliseras i hjärnan med tillräcklig noggrannhet eller om epilepsifokuset ligger på ett ställe där det skulle vara för skadligt eller riskabelt att operera. Allvarliga psykiska problem och hög ålder kan också begränsa en patients möjligheter att dra nytta av en operation.