En magnetundersökning är bättre än datortomografi på att avslöja strukturella förändringar i hjärnan som orsakar epilepsi, till exempel utvecklingsstörningar i hjärnan, kärlmissbildningar, följdtillstånd efter hjärnskador och långsamt växande hjärntumörer. Förutom följdtillstånden efter skador kan dessa förändringar ofta behandlas kirurgiskt, vilket kan minska eller till och med eliminera anfallen.
En magnetundersökning kan också påvisa hippocampus skleros och amygdala skleros. Hippocampus och amygdala samt de omgivande strukturerna i tinningloben är viktiga för inlärningen och minnet. Benämningen skleros används för de typiska cellskadorna på hippocampus och amygdala som förekommer vid temporallobsepilepsi.
Resultatet av en bilddiagnostisk undrsökning av hjärnan kan också vara helt normalt hos en person med epilepsi.