Beeta-interferonit ja glatirameeriasetaatti ovat olleet käytössä jo noin 20 vuotta. Nämä lääkitykset annostellaan pistämällä joko ihonalaiseen kudokseen tai lihakseen, pääsääntöisesti useita kertoja viikossa. Omatoimista pistoshoitoa varten pitää hallita oikea pistotekniikka, pistospaikat ja niiden säännöllinen vaihtaminen, ihon kunnon seuranta ja hoito sekä lääkeaineiden oikea säilyttäminen. Hoitoa aloitettaessa pistämistä harjoitellaan MS-hoitajan vastaanotolla. Näillä lääkkeillä on erilaisia vaikutuksia soluviestintään ja niiden on todettu vähentävän pahenemisvaiheita noin kolmanneksella. Niiden etuna on hyvä ja tunnettu turvallisuus. Ajatus pistämisestä tai itse pistäminen voi kuitenkin tuntua epämukavalta. Paikalliset pistospaikkareaktiot ovat näiden lääkkeiden yleisin haittavaikutus. Lisäksi beetainterferoneihin voi liittyä pistosten jälkeisiä flunssan kaltaisia oireita, joita voi lievittää tavallisilla särkylääkkeillä, levolla ja lääkitystä aloitettaessa annosta asteittain nostamalla. Interferonihoitoon kuuluu myös verikoeseuranta. Glatirameeriasetaatin käyttöön voi puolestaan liittyä haittavaikutuksena hengitystieoireita. Näitä lääkkeitä voi käyttää raskautta yrittäessä. Glatirameeriasetaatin käyttöä ei ole kielletty myöskään raskauden aikana. Molempia lääkkeitä voi käyttää harkinnan mukaan imetyksen aikana.

Uudempia aktiivisen MS- taudin hoitoon käytettäviä lääkkeitä ovat suun kautta kerran päivässä tablettina otettava teriflunomidi ja kahdesti päivässä kapselina otettava dimetyylifumaraatti. Teriflunomidi poistuu elimistöstä hitaasti, joten nopeaa lääkevaihtoa tarvittaessa tai raskautta suunniteltaessa teriflunomidin elimistöstä poistumista nopeutetaan siihen erikseen käytettävän lääkekuurin avulla. Teriflunomidin mahdollinen haittavaikutus on lievä hiusten oheneminen. Dimetyylifumaraatin aloitusvaiheessa voi esiintyä vatsavaivoja ja punastumisreaktioita. Punastumista voi lievittää asetyylisalisyylihapon avulla. Molempien lääkitysten seurantaan kuuluvat säännöllisesti otettavat verikokeet verenkuvan ja maksa-arvojen tarkistamiseksi.

Hiljan käyttöön on tullut suonensisäisesti annosteltava okrelitsumabi, jota voidaan käyttää myös aktiivisen MS-taudin hoidossa.

Fingolimodi on tarkoitettu erittäin aktiivisen MS-taudin hoitoon. Se on tutkimuksissa todettu tehokkaammaksi pahenemisvaiheiden estossa kuin aktiivisen MS-taudiin hoitoon käytettävä beetainterferoni. Lääke otetaan kerran päivässä, ja hoidon aloitus tehdään poliklinikkaseurannassa mahdollisten sydänhaittavaikutusten vuoksi. Ne ovat kuitenkin erittäin harvinaisia. Lääke on yleensä hyvin siedetty, ja siihen liittyy turvaseuranta verikokein. Kladribiini on tullut käyttöön keväällä 2018 ja sille on myönnetty Kelan peruskorvattavuus. Teho on parempi kuin aktiivisen MS-taudin hoitoon käytettävillä lääkkeillä. Kladribiini otetaan kahtena 5 viikon välein toteutettavana 4-5 päivää kestävänä hoitojaksona kahtena peräkkäisenä vuotena. Kun kaksi annostelujaksoa kahden vuoden aikana on saatu päätökseen, lääkitystä ei tarvitse käyttää 2 vuoteen. MS-lääkityksen jatko päätetään potilaskohtaisesti.  Myös kladribiiniin liittyy verikoeseuranta.

Natalitsumabi, okrelitsumabi ja alemtutsumabi annetaan sairaalassa suonensisäisesti. Nämä lääkkeet on tarkoitettu erittäin aktiivisen MS-taudin hoitoon. Pitkään käytössä ollut natalitsumabi annostellaan 4 viikon välein. Se on turvallinen lääke, joka vaatii säännöllistä verikoeseurantaa, mutta voi altistaa harvinaiselle aivojen virustulehdukselle (PML), jos potilas on JC-viruksen kantaja. PML-sairauden riskiä voidaan melko hyvin hallita verikoe- ja magneetikuvausseurannan avulla. Okrelitsumabi on tullut sairaalakäyttöön keväällä 2018. Sitä annostellaan puolen vuoden välein ja siihen liittyy verikoeseuranta. Okrelitsumabin käyttöaiheena on paitsi aktiivinen ja erittäin aktiivinen aaltomainen MS-tauti myös ensisijaisesti etenevä MS-tauti. Alemtutsumabi annostellaan kahdesti vuoden välein useamman päivän hoitona. Lääkkeen käyttöön kuuluu pitkä ja melko tiheä laboratorionäytteiden seurannan tarve mahdollisten autoimmuunitautien puhkeamisen riskin vuoksi. Euroopan lääkeviraston lääketurvallisuuden riskinarviointikomitea on käynnistänyt huhtikuussa 2019 selvityksen alemtutsumabin turvallisuudesta, koska viimeisimmässä määräaikaisessa turvallisuuskatsauksessa oli tullut esiin useita vakavia haittoja. Väliaikaisena toimena jo selvityksen ajaksi käyttö on rajattu vain aikuisille, joilla on erittäin aktiivinen aaltomainen MS-tauti vähintään kahdella muulla taudin kulkuun vaikuttavalla hoidolla toteutetusta täydellisestä ja riittävästä hoitojaksosta huolimatta, tai aikuisille potilaille, joilla on erittäin aktiivinen aaltomainen MS-tauti, jonka hoidossa kaikki muut taudin kulkuun vaikuttavat hoidot ovat vasta-aiheisia tai muulla tavalla sopimattomia. Turvallisuusselvityksen odotetaan valmistuvan lokakuuhun 2019 mennessä.

Okrelitsumabi on tullut sairaalakäyttöön keväällä 2018. Se on ensimmäinen MS-lääke, jonka teho on voitu osoittaa myös ensisijaisesti etenevän MS-taudin hoidossa. Sitä annostellaan suonen sisäisesti puolen vuoden välein, ja siihen liittyy verikoeseuranta.

Joissain tapauksissa, jos taudinkulku on aktiivisesti etenevä tai muut lääkkeet eivät jostain syystä sovi, voidaan harkita solunsalpaajahoitoja, kuten suun kautta otettavaa atsatiopriiniä tai suonensisäisesti annettavaa mitoksantronia. Molemmilla on osoitettu tehoa etenevään MS-tautiin. Molempien käyttöön liittyy verikoeseuranta ja mitoksantronin suhteen myös sydämen toiminnan seuranta.

Kansallisen rokoteohjelman mukainen rokotussuoja tulee tarkistaa aina ennen MS-taudin hoidon aloitusta. MS-taudin Käypä hoito –suosituksen mukaan ei-elävät rokotteet ovat turvallisia MS-taudin lääkehoidon aikana. Eläviä ja heikennettyjä rokotteita tulee välttää MS-taudin lääkehoidon aikana. Rokotevasteen varmistamiseksi rokotukset tulee ottaa viimeistään 6 viikkoa ennen MS-taudin lääkehoidon aloitusta. Vesirokkorokotuksen jälkimmäinen rokote on otettava 6 viikkoa ennen alemtutsumabi-, fingolimodi-, kladribiini- ja okrelitsumabihoidon aloittamista ellei immuniteettia varicella-zostervirukselle ole todettavissa. Kausi-influenssarokotusta suositellaan MS-tautia sairastaville. Kausi-influenssarokotus suositellaan otettavaksi viimeistään 6 viikkoa ennen jaksottaisten lääkkeiden (alemtutsumabi, kladribiini, okrelitsumabi) seuraavaa antokertaa.