Sydänperäinen verihyytymä johtuu usein eteisvärinästä eli flimmeristä, joka on yksi yleisimpiä sydämen rytmihäiriöitä. Eteisvärinä aiheuttaa oireena usein tykyttelyä ja hengenahdistusta, mutta se voi olla myös täysin oireeton. Se voi olla jatkuva tai kohtauksittainen, jolloin sydänfilmi on kohtausten välillä normaali. Sydämen lyödessä epäsäännöllisesti sydämeen voi kehittyä hyytymä, joka irrotessaan kulkeutuu aivoihin.

Sydänperäisen aivoembolian voivat aiheuttaa myös sydämen keinoläppä, tuore tai sairastettu sydäninfarkti, laajentava kardiomyopatia ja avoin soikea aukko.

Sydänperäisiä aivoemboluksia voidaan ehkäistä tehokkaasti verenohennuslääkkeillä.