​Aivoinfarktia kutsutaan salasyntyiseksi (kryptogeeniseksi), mikäli sen syy ei selviä tarkoissakaan tutkimuksissa. Noin 20 -25% aivoinfarkteista on salasyntyisiä. Vaikka aivoinfarktin ilmaantuvuus on nuorilla pienempi, jää tapahtuma heillä vielä useammin selittämättömäksi (noin kolmanneksella).

Suurin osa salasyntyisistä aivoinfarkteista sopii piirteiltään sydänperäiseen aivoemboliaan. Usein syynä onkin kohtauksittainen eteisvärinä, joka saatetaan saada kiinni vasta vuosia aivoinfarktin jälkeen.