Sairauksia, joissa elimistön oma puolustusmekanismi ikään kuin hyökkää itseään vastaan kutsutaan yleisesti myös autoimmuunisairauksiksi. Nämä sairaudet on tärkeää tunnistaa, sillä epilepsian syytä voidaan tällöin hoitaa erityisin immunologisin lääkkein epilepsialääkkeiden lisäksi. Erilaiset viime vuosina tunnistetut autoimmuunienkefaliitit ovat esimerkkejä immunologisista epilepsioista.