Paitsi tehon, myös haittojen suhteen pyritään usein niin sanottuun järkiperäiseen yhdistelmähoitoon, jossa yhdistetään erilaisilla vaikutusmekanismeilla vaikuttavia lääkkeitä toisiinsa. Tällöin saadaan epilepsian suhteen parempi teho lääkkeistä, mutta haittavaikutukset eivät lisäänny samassa suhteessa. Samoin muiden sairauksien olemassaolo ja hoito tulee ottaa huomioon epilepsialääkettä valitessa. Maksasairaalle eivät sovi maksan kautta erittyvät lääkkeet ja monisairaalle sopivat parhaiten lääkkeet, joilla ei ole yhteisvaikutuksia muiden sairauksien lääkkeiden kanssa.